科学家本（Zach Galifianakis 饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人员。然而，本的部门却面临被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆·洛克威尔 Sam Rockwell 配音）下令，要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博（Bill Nighy 饰）的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不怠慢，带着布拉斯特（崔西·摩根 Tracy Morgan 配音）、华蕾斯（佩内洛普·克鲁兹 Penélope Cruz 配音）、苍蝇莫奇和斯贝克斯（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）等成员迅速展开行动。这群豚鼠特工队员体型虽小，却身怀绝技，它们成功闯入罗纳德的办公室，并下载到重要资料。然而，这场冒险才刚刚开始……

警探艾迪（罗伯特?德尼罗 Robert De Niro 饰）是纽约的知名人物，他长期在媒体上出镜为公众带来案件实况。两名出狱不久的东欧男子埃米尔（卡瑞尔?罗登 Karel Roden 饰）和奥列格来到纽约，他们找到背叛了自己的同伙，将其杀死后把现场付之一炬，崇拜美国电影的奥列格更把整个过程拍了下来。艾迪在被焚毁的现场遇到纵火调查员乔迪（爱德华?伯恩斯 Edward Burns 饰），后者的干劲令艾迪瞩目，随即两人开始合作。埃米尔和乔迪都发现了目击证人达芙妮的存在，双方展开了寻找达芙妮的竞争，期间埃米尔和奥列格又杀一人，艾迪颇感被动。终于，艾迪和乔迪在达芙妮工作的店中正遇两名嫌凶，艾迪将埃米尔击伤，而这令埃米尔把下一个目标锁定为艾迪……